A doença ocorre, principalmente, pela falta de higiene e contaminação pelo vírus HPV. Segundo dados do Ministério da Saúde, no país, o câncer de pênis é mais comum nas regiões Norte e Nordeste, o que representa 2% de todos os tipos de câncer que atingem o público masculino.

Homens que não fizeram a circuncisão, cirurgia para remoção do prepúcio que cobre a glande do pênis, têm maior chance de desenvolver o problema, pois a secreção chamada esmegma, parecida com uma cera branca, não é retirada de forma adequada elevando o risco de contaminação.